آسیب‌های تحقیق تنها در آسیب‌های علمی مانند ناروشمندی و ضعف محتوا خلاصه نمی‌شود، بلكه برخی از آنها به اخلاق پژوهشی باز می‌گردد. بی‌توجهی به استدلال‌های طرف مقابل یا انتخاب ضعیف‌ترین آنها به گمان خود سبب می‌شود فرد برای رد كردن طرف مقابل بر‌گزیند و به هجو و غوغاگری بر‌خیزد. مطالعه حاشیه‌ای و مقدمات بیهوده چیدن نیز یكی از آفت‌هاست. در این حالت، نویسنده حاشیه‌روی می‌كند، اما وقتی به اصل مطلب می‌رسد، آن را رها می‌كند و به زمان دیگر احاله می‌دهد یا به ستایش و سرزنش نابجا گرایش می‌یابد یا درباره موضوع خود مبالغه می‌كند و به تعریف و تمجید از خود می‌پردازد. لفاظی و بازی با اصطلاحات از آسیب‌های دیگر است. گاهی نیز بدون اینكه دلیل خاصی داشته باشد، بدون ارجاع دقیق و مستند، از اعتبار و آبروی نام‌آوران عرصه دانش به نفع خود استفاده می‌كند. وی برای رد كردن نظر دیگران انگیزه بیشتری دارد تا توضیح دادن درباره مطالب خود. درباره آنچه می‌خواهد رد كند، كمترین توضیح را می‌دهد، اما ادله رد و نقض خود را با تفصیل و شادابی می‌آورد. در دایره موضوع سخن نمی‌گوید و از سخن و كلام بزرگان به نفع خود استفاده می‌كند. در پی حقیقت پژوهش كه پژوهش حقیقت است، نمی‌رود و بر چیزی اصرار و ابرام می‌ورزد كه به واقعی بودن آن ایمان ندارد. از دیگر آسیب‌های اساسی، انتحال است كه باید به طور جدی به آن توجه كرد. در مجموع، برای پرهیز از آسیب‌ها، فرآیند پژوهش باید از نظر ماهیت مسئله تحقیق، مكان پژوهش، روش‌ها و ابزارها و مؤلفان به مسائل اخلاقی معطوف شود. در سطح پژوهشگران محتاج تنظیم اصول اخلاقی پژوهش هستیم، اما در سطح مؤسسه‌های پژوهش فراتر از اصول اخلاقی باید به مرام‌نامه چندوجهی و كامل اخلاق سازمانی دست یافت